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Humus und Bodenleben spielten lange Zeit eher eine untergeordnete Rolle im Ackerbau. Mittlerweile ist der Boden aber wieder stärker in den Fokus gerückt. Der Bodenschutz wird ein immer größeres Thema in der Landwirtschaft. Zwischenfrüchte und besonders Zwischenfruchtmischungen werden vermehrt von Landwirten in der Fruchtfolge angebaut. Die Gründe dafür sind vielfältig. Der nachfolgende Bestand ist gesünder, Unkräuter werden unterdrückt, es treten weniger Pilzkrankheiten und Schädlinge auf. Die Zwischenfrüchte sorgen für Bodenbedeckung und dienen den Bodenlebewesen als Nahrungsgrundlage. Zudem bedeutet ständige Bodenbedeckung auch mehr Humusaufbau. Mit der Aktivität des Bodenlebens werden Nährstoffe besser mobilisiert und können so effektiver genutzt werden. Durch den Anbau von Zwischenfrüchten haben die standortbedingten Unterschiede des Bodens auf einer Fläche weniger Auswirkungen, damit der nachfolgende Bestand gleichmäßiger wächst.
Durch den Zwischenfruchtanbau und die daraus resultierende dauerhafte Bodenbedeckung wird die Bildung von (Mykorrhiza-) Wurzeln gefördert. Mykorrhiza ist eine Symbiose zwischen Pilz und Wurzeln, die die Wurzeloberfläche vergrößert und die Nährstoffaufnahme verbessert. Zudem nehmen durch die Bodenbedeckung auch der pH-Wert und der Humusgehalt zu. Außerdem wird durch die Bodenbedeckung die Verdunstung vermindert, die Versickerung gefördert und der Wassergehalt erhöht. Der bedeckte Boden behält im Herbst und Winter bis in den Februar hinein eine höhere Bodentemperatur als der unbedeckte. Die Aktivität des Bodenlebens, wie die der Schimmelpilze, Strahlenpilze, sauerstoffliebende Bakterien und Regenwürmer wird dadurch stark gefördert.
Für das Wachstum der Zwischenfrucht wird Wasser verbraucht. Dennoch steht beim Anbau von Zwischenfrüchten im Sommer oftmals genügend Wasser für die folgende Winterung zur Verfügung. Im Winter wird in den meisten Regionen Deutschlands durch die Niederschläge genügend Feuchtigkeit im Boden gespeichert, sodass für die Hauptfrucht nach dem Abfrieren der Zwischenfrüchte genug Wasser zur Verfügung steht. Durch Zwischenfrüchte wird eine unproduktive Verdunstung vermieden. Das Wasser, welches im Winter oft durch Taubildung entsteht, kann die Pflanze zusätzlich nutzen. Die lebenden Pflanzen speichern außerdem Feuchtigkeit über ihre Wurzeln und über Wurzelausscheidungen.
Die Leistungen des Zwischenfruchtanbaus fallen sehr vielfältig und zum größten Teil positiv aus.
Verbesserung der Bodenfruchtbarkeit: Förderung von Bodenstruktur und -gare, Förderung des Bodenlebens, Erosionsschutz, etc.
Verbesserung der Nährstoffversorgung: Stickstofffixierung bzw. gegebenenfalls auch -konservierung, Aufschluss von Grundnährstoffen, etc.
Unkrautunterdrückung, gegebenenfalls auch Reduzierung des Krankheits- und Schädlingsdrucks
Der Zwischenfruchtanbau bildet eine sehr gute Grundlage, um die Bodengesundheit zu verbessern. Die Bodenfruchtbarkeit, Nährstoffversorgung und Unkrautunterdrückung können dadurch deutlich verbessert werden. Die Zwischenfrucht sorgt auch unter anderem für mehr Leben im Boden. Über die Pflanzen wird Sonnenenergie gespeichert und in Form von leicht umsetzbarer organischer Substanz den Mikroorganismen als Nahrungsgrundlage zur Verfügung gestellt. Zudem kann ganz gezielt über den Zwischenfruchtanbau auch die Bodenstruktur verbessert werden. Vorhandene Bodenverdichtungen können durch eine intensive Durchwurzelung aufgelockert werden. Durch eine stetige Bodenbedeckung ist der Boden vor Wind- und Wassererosion geschützt und Unkräuter können erfolgreich unterdrückt werden. Zudem bieten leguminosenhaltige Zwischenfruchtmischungen eine hohe Stickstoffspeicherung, die an die nachfolgende Kultur abgegeben werden kann. Natürlich benötigen Zwischenfrüchte auch Wasser zum Wachsen. In trockenen Regionen kann sich der Anbau von Zwischenfrüchten als sehr schwierig herausstellen, da die Wasserversorgung der Folgekultur Probleme bereitet.